實施ERP后優點多多，提高工作效率，方便管理，但事實真的是這樣嗎?實施中因為現有流程與ERP流程不符，使用員工自身素質，數據收集不細等原因會導致很多問題的出現。例如，采購方做采購的時候需要做發票預制，但預制往往是錯誤的，財務在做校驗的時候會重新手工更改，這樣采購用戶就會有意見了，既然財務都能更改，發票預制做不做都可以，數據對不對都行，為什么還要我們做一步這樣的操作?這樣既浪費時間，又做了無用功。財務與采購的矛盾很大，采購的用戶經常在經常做發票預制的時候會有很大的抵觸。如果有管理規定，采購的用戶必須做操作，這樣會或多或少減少摩擦的出現。生產計劃和物料需求分析的結果允許用戶進行手工調整。但由于物料的上下級關系，會發現對上層物料的計劃量進行修改之后，會影響下級物料的相關需求量，而這一點卻完全被忽略了。如果用戶進行真正應用之后，會經常發現生產的半成品總是出現短缺或者過剩，與其上級的計劃不符。目前系統中的數據還不是自動導入，數據也不是實時的，拿庫存方面舉例，物料采購入庫后，庫管員收貨時就會按采購訂單收貨，但收貨量的數據是可以更改的，在沒有管控的時候，庫管員就會隨意更改收貨量，造成管理的盲點，“圖謀不軌”的人就有了可乘之機。之后如果有人發現問題，查找原因，庫管員在盤庫的時候就會更改盤盈虧的數據，讓人找不到證據。遇到這樣的問題，我們可以通過細化權限，增加審批流程等方法控制。由于人員數量的原因，往往做到權責分離的部分，由于人手不夠，造成一人多崗，既做采購又做收貨，這就會造成管控的盲點，內控雖然有管理，但在實施中都會把權限的角色分開，但實際中又把多個角色都加到同一個操作員的身上。類似以上的問題還有很多很多。只要通過人為的管理，才能有效的控制盲點的出現。

    ERP的靈魂是管理思想，主體是體現管理思想的管理應用模式，技術是其建立的支撐，它作為一種先進的管理思想和手段，它所改變的不僅僅是某個人的個人行為或表層上的一個組織動作，而是從思想上去剔除管理者的舊觀念，注入新觀念。很多人有這樣的誤區，認為ERP只是一般意義上的企業信息化建設，一個計算機硬件、軟件和互聯網系統的建設，往往忽略它是企業管理思想再造，要通過其有效的管控對流程的盲點進行規范。以致實際應用中既沒有立足于企業管理創新，也沒有把應用ERP與深化改革、管理創新、應用其他現代企業管理思想和方法緊密結合起來，相輔相成，互為作用。

    有效的管控是ERP實施應用的組織基礎和組織保障，借助信息科技的最新成果來優化和加強企業的運營和管理。它的實施應用需要企業在管理思想上的革命，在管理流程上的重組以及管理手段上的更新。企業應當充分認識到，即使有了計算機軟件的規范，完成企業系統的改造也是十分艱巨的，必須有脫胎換骨的思想準備。ERP管理系統之所以成為一把手工程，是有很多實際業務與理論上的理解完全不同，需要領導拍板下決定。ERP涉及到企業管理機制、生產組織方式、人員素質等諸多因素，要涉及到企業的每一個部門，都需要有最高決策層的領導與推動，需要各職能部門間的緊密配合與相互協調，由熟悉業務的管理人員和熟悉技術的計算機專業人員一起，對企業業務處理流程進行重新設計，去除冗余和無效的工作環節，并在此基礎上調整企業組織結構。

    當ERP系統建立時，它必然對原有平衡的權利體系進行一次新的重新組合。管理學中，管理四要素為計劃、組織、領導、控制，這都不是ERP系統完全能做到的，需要管理者的人為干預，處理歷史遺留問題，方便業務流程暢通。實施ERP的挑戰不只是計算機系統的改造，還要有員工處理基本工作。ERP是信息技術和管理技術的完美結合，企業決策人和管理者，甚至普通員工，要不斷學習、研究、掌握現代企業管理思想、方法以及計算機技術和通訊技術的最新發展，用現代管理理論和信息技術武裝頭腦，開拓眼界，要求全體員工的積極參與，各負其責。系統不是萬能的，很多盲點需要人為加以干預，分析利弊，需要領導決策。